如今人们通过使用化学药剂的清洗工艺来恢复反渗透膜系统性能，来代替水力冲洗不足的缺点。关于清除有机物用碱，清除无机物用酸，对于清除微生物要使用到氧化剂，并且基本上采用各种药液轮流进行清洗。化学清洗的径流方式和水力冲洗基本上是一样的，但是清洗液流量的作用比较小，并且药剂成分、药液浓度、洗液温度、清洗时间还有浸泡时间乃至于表面活性剂浓度等原因的上升成为了关键位置。

  需要注意的是，由于在长流程反渗透系统中，流程前部元件主要为有机物污染，并且流程后部元件大多为无机物污染。记录膜元件在系统流程中工作位置，并通过在线或者离线检测不同位置膜元件性能的衰减程度，能够有效掌握反渗透设备污染性质还有程度，明确知道膜清洗的技术参数。

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